Tα μαθήματα του μεταπτυχιακού προγράμματος "Οργάνωση και Διοίκηση Τεχνικών Συστημάτων" χωρίζονται σε 3 κύκλους:
1. Κύκλος Μαθημάτων Ομογενοποίησης
2. Κύκλος Μαθημάτων Κορμού, ο οποίος χωρίζεται σε:
3. Κύκλος Μαθημάτων Κατεύθυνσης, ο οποίος χωρίζεται σε:
- Κατεύθυνση Α Διοίκηση Συστημάτων Πληροφορικής και Επικοινωνιών
- Κατεύθυνση Β Διοίκηση Συστημάτων Κατασκευών, Υποδομών και Μεταφορών
- Κατεύθυνση Γ Διοίκηση Ενεργειακών, Βιομηχανικών και Περιβαλλοντικών Συστημάτων
4. Εκπόνηση Μεταπτυχιακής Εργασίας
Οδηγός Εκπόνησης Μεταπτυχιακής Εργασίας
Οδηγός Συγγραφής Μεταπτυχιακής Εργασίας
5. Συμμετοχή σε μία Ομαδική Εργασία με Αντικείμενο την Μελέτη ενός Ολοκληρωμένου Συστήματος (Μάθημα Κορμού S3)